L’església de Santa Margarida de Vilaltella es troba situada al sud-est del nucli urbà de Perafita, en un punt elevat, prop de la carretera BV-4601. Es tracta d’un edifici de planta rectangular, teulada de doble vessant amb aigües a les façanes laterals i murs de maçoneria de pedra irregular amb cantonades diferenciades de carreus de majors dimensions.
Santa Margarida de Vilaltella pot ser considerada perfectament de finals del segle XI o principis del XII pel tipus de construcció de la part inferior dels murs. L’edifici ha patit moltes modificacions. Els murs són de factura romànica fins a dos metres d’alçada i la resta és refeta posteriorment. L’església es troba documentada fins l’any 1223 (segle XIII), en funcions de capella rural depenent de la parròquia de Sant Pere, i el 1227 surt esmentada al testament de Maria Vila-rasa. Hi ha qui creu que la capell estigué vinculada des del seu origen al mil·lenari mas de les Heures; d’altres consideren que fou construïda com a aglutinadora d’un conjunt de masos com Vilaltella, Borrell, Puig, Sanies, etc., terme que després passà a ser domini alodial de la mitra de Vic.
Tradicionalment en tenia cura l’hereu de Cruells, però l’any 1711 fou amenaçat amb l’excomunió si no retornava els ornaments a la parròquia. L’any 1724 es produïren altres incidents a Santa Margarida: el bisbe de Vic Marimon manà tancar la capella el dia 30 de juliol, degut a les actituds considerades irreverents en que degenerava la tradició de ballar pels voltants de l’edifici després de la missa en aquesta diada. En la primera meitat del segle XVIII la capella necessitava una reparació a fons: calien unes portes noves, emblanquinar les parets, refer el retaule, canviar l’ara i posar una creu a l’altar. Quant a la volta original, estava ja tan deteriorada que l’any 1729 el bisbe manà que s’arrangés, sota amenaça de no deixar-hi oficiar.
En època barroca li fou afegit un petit cos a mode de sagristia, i vers 1825 s’obri a ponent una nova porta i un òcul. En la primera meitat del segle XX s’hi deien dues misses anuals, però segurament quedà desafectada amb la Guerra Civil espanyola i ja no reprengué el culte. La capella s’anà abandonant, s’ensorrà la volta i patí espoliacions.
L’any 1988 es va restaurar la capella i es va recuperar l’aplec que es celebra el diumenge més proper a la diada de Santa Margarida que es el 20 de juliol.